保护区位于大巴山弧和川东褶皱带的结合部,大多为低山和中山地形,喀斯特地貌分布广泛。最低海拔仅170米,最高海拔达2680米,地表破碎,高差悬殊。保护区属亚热带季风性湿润气候,全年平均温度高于10℃的日数为225天左右,年降水量约1400毫米,其中55%~60%的降水集中在夏季,雨季明显。保护区土壤类型主要为山地黄壤、山地棕黄壤和山地棕壤。此外还零星分布有潮土、紫色土和灰化土。保护区地表水源极为丰富,径流总量为1.5亿立方米,有当阳河、庙堂河2条主要河流,另有众多溪流遍布其中,均属长江水系。保护区有7种植被类型(寒温性针叶林、温性针叶林、暖性针叶林、阔叶林、竹林、灌丛、灌草丛),59个群系;有维管植物196科894属2646种。根据1999年国家林业局公布的《国家重点保护野生植物名录(第一批)》,保护区有国家重点保护野生植物19种(其中Ⅰ级4种,Ⅱ级15种)。保护区有陆生脊椎动物29目94科252属422种,鱼类7目16科72属113种,昆虫12目73科209属258种,根据1989年国家林业部公布的《国家重点保护野生动物名录》,保护区有国家重点保护野生动物55种(其中Ⅰ级8种,Ⅱ级47种)。
保护区始建于2000年。为充分发挥五里坡林区涵养水源、维持生态平衡的作用,保护当地野生动植物资源, 2000年9月,巫山县人民政府在天然植被保存完好、自然资源丰富、野生动植物集中分布的巫山县东北部地区划定了五里坡自然保护区。2002年12月,重庆市人民政府批准建立巫山五里坡市级自然保护区。2003年12月,巫山县五里坡林场增挂巫山县五里坡市级自然保护区管理处牌子,实行一个机构,两块牌子的管理体制。2007年,巫山县五里坡林场更名为重庆五里坡市级自然保护区管理处,同时撤销原增挂的巫山县五里坡市级自然保护区管理处牌子。2013年6月,国务院批准五里坡保护区晋升为国家级自然保护区。2013年11月,巫山县编委会批准成立重庆五里坡国家级自然保护区管理局,为正科级事业单位。
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