馆藏地质矿产、古生物、动物、植物、土壤和旧石器等标本近7万件,模式标本和其他珍稀标本100余件。四川地区不同门类、不同时代的代表性恐龙化石标本都有收藏,已装架展出的骨架标本有8具,同时还收藏有100余件恐龙足印化石标本。此外,馆藏维氏中国古鳖(晚侏罗世)是世界最早发现的鳖类化石之一;蛇颈龟标本是除欧洲之外少有发现的珍品;成渝龟是中国已知最早龟类的代表,在同类的世界记录中也属罕见,其化石对研究早期龟类演化具有重要意义。动物标本有国家保护动物大熊猫、牛羚、金丝猴、小熊猫、雪豹、毛冠鹿、绿尾虹雉、大鲵(娃娃鱼)等标本。植物标本包括221科、1500余属、2400余种,有不少是珍稀植物标本。
馆藏还有有动物、植物、古生物、古人类、旧石器、地矿、岩石、土壤等八大学科标本10万余件,特别是中生代的古生物化石,如各种恐龙骨骼、脚印、蛋等化石、以及鱼龙、蜥蜴、鳄、龟鳖、鱼、鸟、植物和各时代的无脊椎动物等化石,藏品的数量和质量居于全国同类博物馆之前列。现已装架的恐龙骨骼化石标本就有15具之多。旧石器和古人类标本达1000余件,其中巫山出土的距今200万年的更新世早期人类化石和巨猿动物群化石,是研究人类起源的重要标本。
馆藏标本中还有鱼类、两栖、爬行、兽类、鸟类、昆虫等现生动物标本2000多种,4000余件,涵盖绝大多数国家保护的珍稀动物,植物标本有215科,1246属,2230余种,其中国家级保护植物如银杉、桫椤、珙桐、水杉等46种被收藏。该馆利用丰富的展品,经常举办多种大型陈列和流动性展览。如“恐龙化石陈列”、“脊椎动物陈列”、“蝶类展览”和“远古生命奇观——古生物进化暨恐龙知识科普展”,该馆办有“四川恐龙化石陈列”、“四川脊椎动物陈列”、“生物进化展览”、“恐龙化石对外展出回国汇报展览”等。
此外还辟有动、植物教学参考室和其他临时展览。
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