保护区是洪都拉斯境内最大的原始热带雨林保护地,地形的悬殊导致了生态系统类型的广泛分布。其中潮湿的热带森林和极度潮湿的亚热带森林成为两个主要生物带,绝大部分的保护地(约85%)隶属于潮湿的热带森林范围之内,仅有10~15%位于亚热带潮湿的森林地带。这里也是中美地区实属罕见的潮湿热带雨林之一,森林中含有丰富多姿的植物和野生动物,包括几种全球性的濒危动物种。雷奥普拉塔诺生物圈保留地内野生动物资源丰富,生活着180多种两栖动物和爬行动物、39种哺乳动物和377种鸟类。珍稀动物有美洲湾鳄、古比埃姆鳄、美洲豹等。濒危动物包括大型食蚁动物、貘、美洲虎等。
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