区内植被属北亚热带常绿、落叶阔叶混交林带,其地带性植被是以栓皮栎、麻栎为主的落叶阔叶树以及青冈、苦槠为主的常绿阔叶树混交林,但绝大部分原生植被已被次生植被所替代。其中海拔 700m以下以马尾松、杉木、毛竹和农作物为主,兼有经济林、灌木林和草本植物;海拔700-1200m主要以地带落叶阔叶和次生灌丛、黄山树、杉木、茶树占大比例;海拔1200m以上的多为山地矮林和常绿灌丛,间有部分高山草甸植物。区内代表性植物主要有:银杏、马尾松、黄山松、大别山五针松、金钱松、杉木、 香榧、厚朴、香樟、木瓜、枇杷、紫荆、合欢、麻栎、栓皮栎、 杜仲、油桐、油茶、都支杜鹃、三角枫 、华箬竹等。
佛子岭自然保护区内野生动物有兽类70多种、鸟类20多种、其他水陆生和两栖动物10余种,国家重点保护的主要有原麝、小灵猫、水獭、果子狸、大鲵。
该保护区是全省唯一一家以霍山石斛、国家级保护动物原麝、大鲵为主要保护对象的省级自然保护区,另外禁止两大水库源头区天然林的采伐,加强水源涵养林的建设,对于稳定森林生态系统,切实保持水土,保护两大水库多种功能的持续发展有着非同寻常的意义。
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