保护区共有维管束植物117科329属446种;脊椎动物36目92科311种,其中,鸟类16目54科206种。
保护区主要越冬水禽有雁形目、鸻形目、鹳形目、鸥形目等鸟类。列为重点保护鸟类40种,其中国家重点保护6种:东方白鹳、白头鹤、白琵鹭、白额雁、小天鹅、卷羽鹈鹕;列为安徽省级保护鸟类30余种,保护区越冬水禽数量在2万只以上。
流经保护区且直通长江的青通河,是朝圣九华山佛事活动的水上通道;十八索、将军庙、乌龟颈、牛屎墩等人文和自然景观,为重要的观光景区;四百年历史的杜氏宗祠,徽派建筑气势恢弘;中国非物质文化遗产傩戏、目连戏世代相传。
保护区实施了湿地保护与恢复工程建设项目;成为安徽省GEF项目点之一;2016年成立了茅坦十八索湿地学校,开展湿地保护与宣传活动。保护区建有桐梓山保护站、庆丰圩保护站和十八索观鸟台,保护站综合楼正在筹建中。
2008年,保护区加入了长江湿地保护网络,2010年保护区巡护员杜政荣获得斯巴鲁生态保护奖。
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