保护区地貌类型属东北松嫩平原区,地势东高西低,开阔平坦,起伏甚微,一望无际,多为沼泽地,属低地平原区。引嫩河纵贯保护区,全长13.53公里,为保护区提供大量水源。保护区内有自然形成的西林湖等湖泊,湖水宽阔,芦苇荡漾,鸟语花香。保护区内分布有大面积的沼泽和草塘,类型多样,芦苇沼泽、苔草沼泽、香蒲草塘、草原草甸以及大小沟塘镶嵌其中,共同形成一个复杂多样、相互交错的平原湿地景观。
保护区内植物种类繁多,生境特异,优越的自然环境为各种动植物的生长繁衍创造了得天独厚的自然条件。保护区内共分布高等植物501种,其中,国家重点保护植物1中,即豆科野大豆,中国特有植物1种,即百合科知母。保护区内共分布有野生动物306种。其中,东方白鹳、丹顶鹤、金雕、白头鹤等国家一级保护动物5种,白琵鹭、大天鹅、灰鹤、白枕鹤、鸳鸯等国家二级保护动物32种。该保护区还是世界濒危鸟类、国家一级重点保护动物大鸨在我国最大的种群聚集区、繁殖地和越冬地之一。
黑龙江明水自然保护区,湿地生态系统保存完整,生境独特,珍稀物种多样集中,是集生物多样性保护、科学研究、生态旅游和可持续利用于一体的自然保护区。作为我国松嫩平原地区保存最完整的沼泽湿地之一和大鸨、丹顶鹤、白枕鹤、东方白鹳等重点保护鸟类的栖息地和繁殖地之一,具有国家意义上的珍贵性和稀有性,有很高的保护价值。
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