保护区内分布着大面积原生性的沼泽湿地生态系统，主要类型有森林沼泽、灌丛沼泽和草本沼泽等。保护区共有高等植物125科290属495种，有国家Ⅱ级重点保护野生植物5种，即紫椴、黄檗、水曲柳、野大豆和莲。保护区共有脊椎动物336种，国家Ⅰ级保护动物4种，东方白鹳、丹顶鹤等，还有马鹿、花尾榛鸡、鸳鸯、松雀鹰等国家Ⅱ级保护动物40种。倭肯河省级自然保护区是三江平原地区保存完整、面积较大的沼泽湿地，野生动植物资源十分丰富，是重要的野生生物种源基地和基因库，是一处天然的动植物园和理想的科研、宣教基地。
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