保护区沼泽湿地面积为5700 hm2,占全区湿地面积的61.1%。天然湿地生态系统非常完整,拥有河流湿地、湖泊湿地、淡水草本沼泽、灌丛湿地、淡水森林沼泽等不同类型。哈泥河源头哈泥大甸子的泥炭层是我国东北地区单层厚度最大、沉积速率最快、最为连续、个体沼泽面积最大的沼泽湿地,最大厚度9.6米。它对涵养哈泥河水源、净化哈泥河水质、调节流域气候、改善生态环境具有举足轻重的地位。
保护区拥有完整的生态系统,物种较为丰富,有野生植物131科308属809种;脊椎动物32目79科291种,昆虫14目118科406属546种,大型真菌12目42科207种。其中:国家Ⅰ级重点保护野生植物1种,东北红豆杉;国家Ⅱ级重点保护植物9种,紫椴、胡桃楸、红松等;国家Ⅰ级重点保护野生动物4种,东方白鹳、金雕、紫貂和原麝;国家Ⅱ级重点保护野生动物31种,大天鹅、黑鸢、黑熊、猞猁等。
保护区独特的湿地类型是地理学、地质学、环境科学、生物学、湿地学等多学科理想的科学研究基地,也是大专院校的理想教学实习基地和中小学生地理课、生物课科普教育的基地。保护区内丰富的生态旅游资源和自然景观给人以自然美的享受,具有极高的保护价值和社会文化价值。
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